大多数科学家们都认为来自于个人自身组织的重编程细胞系能够被安全地移植到同一个体体内并能避免排斥反应。新一项小鼠实验中证实将诱导多能干细胞（ipscs）分化生成的多种组织移植至动物体内会产生快速的免疫排斥反应，即便ipscs的起源细胞来自于移植小鼠本身。这一研究结果或将对再生医学领域造成巨大的震动。
具体过程是研究人员将小鼠的胚胎干细胞和小鼠ips细胞移植到了提供起源细胞的小鼠体内。研究人员发现移植的胚胎干细胞在小鼠体内形成了畸胎瘤。然而相比之下，由于受到宿主免疫系统的免疫攻击或免疫排斥，大部分的ips细胞未能在小鼠体内形成畸胎瘤。
研究人员发现相对于胚胎干细胞形成的畸胎瘤，由ips形成的畸胎瘤中的某些基因呈高水平表达。其中的zg16及 hormad1两个基因的异常表达可直接导致遭受特异的免疫攻击。研究人员表示这些基因在正常情况下处于关闭状态直至胚胎开始对自身组织形成免疫耐受为止，如此就能确保它们不会被宿主所识别。而ips的重编程程序有可能改变了这些基因的正常表达。
长久以来，科学家们在开展ips研究的过程中把ips衍生获得的终末分化细胞例如神经细胞或心肌细胞移植到小鼠体内，证实它们不会引起免疫排斥（但事实上其中的大部分实验都是在缺乏功能性免疫系统的小鼠上开展的）。并且科学家们在设计治疗方案时大多是提出每次将一种由患者自身皮肤细胞生成的分化细胞移植回患者体内，而非畸胎瘤中混杂的多种分化细胞。
研究人员并不清楚纯化的ips衍生分化细胞是否会受到免疫排斥，或是这一类问题是否仅特异地存在于未分化细胞中。
然而研究中采用的ips细胞系来源于胚胎皮肤细胞，而非成人皮肤细胞。或许相对于成体细胞，不成熟的皮肤细胞更有可能启动免疫反应。此外目前尚不清楚畸胎瘤中哪种细胞引起了免疫排斥，以及人类细胞是否会以相同的方式产生反应。有生物学家认为这一研究或有可能引发科学界对于ips细胞源性患者特异性移植产生更多的监管忧虑。
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