水体是开展鱼虾蟹和龟鳖类等水生经济动物养殖生产的培养基，养殖水体一定需要肥沃、清亮、清新，而要营造充满生机的水体和营养丰富的优质水质环境就要发挥水生微生物的作用，例如菌、藻和虫类等，让它们为水产养殖经济动物高速繁殖和健康生长提供一个强有力的物质基础、能量支撑。
一、菌主要是指水产用微生态制剂，该类制剂主要成分是益生菌类，例如光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母和硝化细菌等。该类菌种类多、个体小、数量庞大，无论是定期泼洒还是饲喂都能制约病原微生物的滋生、蔓延，且无污染、无药物残留，能有效改善养殖生态环境，提高水生经济动物的免疫力和抗病力，可大幅度提高苗种成活率和商品鱼养成速度。
1.光合细菌
顾名思义，该菌是可以进行光合作用的细菌，除了能制造氧气增加水体溶氧之外，该类菌是一种营养丰富、营养价值高的益生菌类。该菌菌体含有丰富的氨基酸、叶酸、b族维生素尤其是维生素b12，该维生素除生物素含量高之外还含有生物活性物质——辅酶。该菌体为小球藻的1/20，因为刚孵化出来的鱼虾蟹和龟鳖幼体的消化系统中的各器官尚未完全分化，光合细菌可以通过鳃裂吸进体内，使其在卵黄尚未被完全吸收时，即可从外界摄取食物以弥补内源性营养不足。
2.芽孢杆菌
该菌是一种优势菌类种群，它能强烈地分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物，分解蛋白质和多糖，对水溶性有机物的分解也有重要作用，同时，可以与养殖环境中的有害藻类及水产致病菌竞争，形成优势种群，抑制有害藻类及水产致病菌。由于它的特性与功能优于光合细菌而有望成为光合细菌的替代品，已成为当前国际净水界的研究热点。就是该特点让该菌已经被广泛运用到水产养殖中。
芽孢杆菌革兰氏染色呈阳性，是普遍存在的一类好氧性细菌。该菌在制剂中以内生孢子的形式存在，孢子进入肠道之后，在肠道上部能迅速复活，并分泌活性很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶，有助于降解植物性饲料中的某些复杂的碳水化合物，拮抗肠道内的氧气，造成厌氧环境。而肠道上固有的有益菌多为厌氧菌，而有害菌和外来菌多为需氧菌，从而有利于维持肠道生态平衡。目前，按照养殖品种划分，水产养殖主要由大宗传统、名优新和特种三大类数百个品种组成，其中龟类尤其是高档名龟养殖占据特种水产养殖最高端，而芽孢杆菌就是龟类养殖伴侣，无论是外部泼洒还是内部饲喂芽孢杆菌都获得显著的成效，是养殖龟类获得健康生长的滋补保健品。
（1）占位保护性效应。芽孢杆菌属于正常的微生物，该类微生物能够通过占位性保护效应即竞争性粘附位点来阻止病原菌附着。芽孢杆菌进入动物肠道之后，通过生物夺氧作用在生长繁殖过程中消耗肠道内过量的气体，造成厌氧状态，而抑制有害菌的繁殖。而且芽孢杆菌还可产生细菌素、有机酸等物质，改变肠内微生态环境，形成有利于有益菌生长的环境。
（2）产生有益代谢产物。一是合成多种酶类。芽孢杆菌具有很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、精华酶活性，可降解饲料中的某些抗营养因子，提高饲料转化率达8%以上。它在肠道内繁殖，还可产生各类物质，如维生素、氨基酸、未知生长因子等，参与机体的新陈代谢，促进动物生长。二是产生有机酸。芽孢杆菌进入动物肠道繁殖能够产生乙酸、丙酸和丁酸等挥发性脂肪酸，降低肠道ph值，抑制病原菌的生长，激活酸性蛋白酶活性。三是产生抗菌物质。芽孢杆菌还能在动物肠道内产生大量细菌素，如杆菌肽、多粘菌素、线性环多肽复合物等，可有效抑制和杀灭进入体内的大肠杆菌和沙门氏菌等。四是清除有害物质。芽孢杆菌产生的氯基氧化酶及分解硫化氢的酶类，可降低血液及水体中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢的浓度，从而净化养殖水环境。
芽孢杆菌为无毒性益生菌类，能分泌出活性强的蛋白酶等多种酶类，在其生命过程中又能以孢子形式存在，具有耐高温、耐盐碱、耐挤压、饲料加工对其损伤小等特性，易于生产和保存，在龟类养殖中，该菌作为龟类饲料微生态添加剂和水体微生态调控剂等具有十分广阔的发展前景。
二、藻主要是指绿藻，该类藻属植物界绿藻门，约有6700种。主要分布在淡水中，海水中和陆地上的阴湿处。绿藻中的叶绿素a和b、胡萝卜素、叶黄素等光合色素的比例与种子植物和其他高等植物相似。该类藻经济价值很高。如石莼、礁膜、浒苔等历来是沿海人民广为采捞的食用海藻。而在淡水中的绿藻主要是指小球藻。该藻是五亿四千年前就已经在地球上繁衍的生物。它是一种单细胞的绿色微藻类，不管是生态环境的巨变，还是自然灾害的侵袭，都没能毁灭它，其稳定的基因始终没有改变。因为它的直径只有3～8微米，必须用600倍以上的显微镜才能看见，且形状呈圆球形，所以被称为小球藻（绿藻）。
小球藻生息在淡水中，它借助阳光、水和二氧化碳，以每隔20小时分裂出4个细胞的旺盛繁殖能力，不停地将太阳能量转化生成蕴涵多种营养成分的藻体，并在增殖中释放出大量的氧气；而它的光合能力高于其他植物10倍以上。基于这种生命活力及产生的高能营养物质，人们赞美它是“罐装的太阳”。因此，人们就运用小球藻这一特性营造菌藻共生系统和活性藻的方法来处理鱼虾蟹和龟鳖养殖废水，实现循环利用和零排放，减少环境污染。同时，该藻属单细胞绿藻，繁殖生长快，产量高，含有一定量的蛋白质、糖类、氨基酸和多种维生素，可作食品、饲料，也可作为加工药品的原料，或提取蛋白质、脂肪、叶绿素和核黄素等多种产品。在水产养殖上，小球藻运用广泛，因为其个体比轮虫小，它可以作为水生经济动物优质开口饲料。随着水生经济动物的生长，轮虫才逐步成为其最佳的天然饵料。同时，两者还可以互为补充。这一点在养殖植食性水生动物中表现得尤为充分。
三、虫诸如鱼虾蟹和龟鳖类水生经济动物，不论是野生的还是人工养殖的，其第一属性就是属地感，具有地域特色，该特性让人们在养殖该类动物过程中尤其是开发原种、引进外来种和良种选育中都离不开苗种繁育和培育，该环节的关键技术就是解决幼体开口饵料问题。在破解该问题上，在其幼体最早期，上述的菌类和藻类可以发挥一定的作用，当然，其中还需要蛋黄、豆浆等人工饲料可以作为补充，当苗种生长发育到一定时期，轮虫纲中的轮虫就要登场了。
轮虫是袋形动物门轮虫纲近2000多种微小无脊椎动物的统称，其大小为166～230μm，适口性极好，粗蛋白含量最高，其中粗脂肪含量仅次于蛋黄，而且含有大量幼体生长发育所必需的不饱和脂肪酸，营养价值高。游泳速度低于0.02cm/s，在水层分布较为均匀。轮虫可以在育苗水体中生长繁殖，不但保持了其营养素的稳定，而且对育苗水体不会造成污染。在池塘中直接增繁殖轮虫，是解决人工养殖水生经济动物开口饵料，降低生产成本，提高苗种生长速度、成活率和质量的最有效途径。轮虫的培育方法很多，技术也很成熟，可以保持其来源供应充足。现以鱼塘培育轮虫为例作一说明。
1.排水清塘。轮虫是依靠池塘底泥中的休眠卵重新萌发的。排水能增加底泥中休眠卵的受热量，清塘可清除轮虫的敌害，更换新水本身对休眠卵产生一个良性刺激，所以，在平均水温20～25℃时每亩用生石灰100kg带水清塘，经过8～10天，轮虫便可大量出现。
2.施有机肥。轮虫的基本生活方式有两类。一类营浮游或兼性浮游生活；另一类营底栖、附着或固着生活。有关试验数据表明，每天每亩池塘施放26kg的牛粪或人粪即可满足轮虫的食物需要。
3.控制敌害。在池塘轮虫生发不久，水蚤也开始出现，因为两者都是以细菌、藻类和腐殖质碎屑等为食，而水蚤的摄食能力强于轮虫，如果水蚤过多，轮虫就会因缺乏食物而受到抑制。用晶体敌百虫配制浓度为0.5mg/l药液泼洒全池，可杀死水蚤而保留轮虫，用上述方法抑制水蚤并加施有机肥，可以把轮虫高峰从自然状态的3～5天延续到15～20天。
4.加注新水。在环境条件适宜时，轮虫繁殖十分迅速，达到高峰之后1～2天，极易出现缺氧等不利条件，若加以改善，轮虫很快出现休眠卵而终止繁殖，此时，应加注新水使轮虫密度适当减少，以延续其高峰。
水生经济动物独具的属地感，要求人们要为其营造一个优良的生态环境和生存条件，其中之一就是营造一个由菌、藻和虫三大类组成的生态体系，让其生长过程中获得除了气候、空气、水体、土壤和植被等五大环境因素支撑之外还有一个优良的微生物体系的支持，这样，它才能成功繁衍下一代，健康生长，最终实现一方水土养一方人的终极目标。